Vương Hiến Nguyên xuất thân quý tộc Lang Tà Vương thị thuộc huyện Lâm Nghi, quận Lang Tà, cha bà là Vương Yển (王偃), thuộc dòng dõi của Tể tướng Vương Đạo thời nhà Tấn. Vợ chính của Vương Yển là Ngô Hưng trưởng công chúa Lưu Vinh Nam (劉榮男), con gái của Lưu Tống Vũ Đế (nhưng không biết có phải là mẹ ruột của bà không). Ông nội bà là Vương Hỗ (王嘏), tể tướng nhà Tấn, bà nội là Bá Dương công chúa (鄱阳公主), con gái Tấn Hiếu Vũ Đế.

Năm Nguyên Gia thứ 20 (443), Vương Hiến Nguyên kết hôn với Lưu Tuấn khi ông còn là Vũ Lăng vương, bái phong Vũ Lăng vương phi (武陵王妃).